武汉涉密系统集成企业在加强技术研发和提升自主创新能力方面，可以采取以下措施：

1. 加大科研投入：企业应加大对科研的投入力度，引进先进的技术和设备，建立完善的技术创新体系。同时，鼓励员工积极参与技术研发，提升整体的技术实力。
2. 加强人才队伍建设：企业应重视人才的培养和引进，建立完善的人才激励机制，吸引和留住优秀的科研人才。通过定期组织培训、学习交流等活动，提升员工的专业技能和创新能力。
3. 加强与高校、科研机构的合作：企业可以与高校、科研机构建立紧密的合作关系，共同开展技术研发和创新。通过与高校、科研机构的合作，企业可以充分利用其技术资源和人才优势，加快技术创新的步伐。
4. 实施知识产权保护：企业应建立完善的知识产权保护制度，确保技术研发成果的合法权益得到保障。同时，鼓励员工积极申请专利、商标等知识产权，提升企业的核心竞争力。
5. 推动产学研用结合：企业应积极推动产学研用结合，将技术研发成果转化为实际应用。通过与用户、行业协会等合作，了解市场需求和行业趋势，推动技术的实际应用和产业化。
6. 营造创新氛围：企业应营造浓厚的创新氛围，鼓励员工敢于尝试、勇于创新。通过建立创新奖励机制、定期组织创新竞赛等活动，激发员工的创新热情，提升企业的自主创新能力。

总之，武汉涉密系统集成企业应加强技术研发，提升自主创新能力，从而在未来的市场竞争中立于不败之地。