涉密档案数字化加工的新资质要求主要包括以下几点：

1. 质量管理、职业健康安全管理、信息安全管理体系认证：企业需要获得如GB/T19001—、GB/T28001、GB/T22080—ISO27001等相关认证。
2. 人员要求：依法缴纳社保金满1年的员工不少于50人。这个要求对企业来说可能有一定的难度，因为档案数字化加工行业人员流动性大，很多临时工作人员企业不愿意购买社保。
3. 财务要求：经审计的上年度净资产不少于1000万元，上2个年度各项纳税总额不少于100万元，经营状况良好。
4. 场所要求：具有自有产权或租赁期3年(含)以上的固定生产经营场所，建筑面积不少于300平方米。具有可封闭式管理的涉密档案数字化加工场所，周边环境安全可控。
5. 设备要求：拥有功能完备的档案数字化加工设备。

企业在满足这些新资质要求的过程中可能会面临一些挑战，如：

1. 人员社保问题：由于行业特性，很多临时工作人员不愿意购买社保，这可能导致企业在申请资质时难以满足人员社保的要求。
2. 办公场所问题：为了节省成本，很多企业的办公场地可能位于小区或租赁很小面积，难以满足资质申请中对场所面积和周边环境的要求。
3. 涉密场所建设问题：建设符合要求的涉密场所可能需要投入大量的人力和财力，对企业来说是一项不小的挑战。

总的来说，企业在申请涉密档案数字化加工新资质时需要充分了解并满足相关要求，同时做好应对各种挑战的准备。