军工保密二级资质认证的流程包括申请保密资质、填写申请书、报送材料、现场审核、复议、备案和发布名录。具体流程可能会因地区和具体情况有所不同。为了简化流程、缩短认证周期并提高效率，可以采取以下措施：

1. 优化申请流程：减少不必要的环节和步骤，使申请过程更加简洁明了。
2. 提供清晰的指导：为申请者提供详细的指导和说明，包括申请条件、所需材料和填写要求等，以减少错误和返工。
3. 加强材料审核：对提交的材料进行严格审核，确保材料真实、完整和准确，避免后续出现问题和延误。
4. 加快审核进度：增加审核人员数量或提高审核效率，以缩短审核周期。
5. 实施电子化流程：采用电子化申请和审核系统，实现无纸化办公，提高处理速度和效率。
6. 加强沟通和协作：与申请者保持良好的沟通和协作，及时解答疑问和问题，确保申请过程顺利进行。
7. 提供培训和指导：为申请者提供相关的培训和指导，帮助他们了解认证要求和流程，提高申请成功率。
8. 持续改进：不断收集反馈和建议，对流程进行持续改进和优化，以适应不断变化的需求和提高效率。

通过实施以上措施，军工保密二级资质认证的流程可以得到简化，认证周期可以缩短，从而提高整体效率。